京都市伏見区の醍醐寺を総本山とする真言宗のひとつ。
弘法大師を宗祖と仰ぎ、理源大師・聖宝を開祖とする。
本派成立の起源は、弘法大師の実弟・真雅僧正の弟子である理源大師・聖宝が874年笠取山に自ら彫った准胝観音と如意輪観音を庵に安置し、醍醐天皇の帰依を受け、勅令によって薬師堂、五大堂などの諸堂を建立しながら醍醐寺を開創したことに始まる。以降、醍醐寺は小野流と呼ばれる法流を中心とした法流本山として、祈りの伝承を現在に受け継いでいる。
傍ら修験道の曩祖・神変大菩薩の霊異秘訣を相承し、永らく途絶えていた大峯山入峰修行を再開して修験道を再興し、山岳修行とともに諸仏教を納めて、修験道と密教法流を確立した。現在でも醍醐寺、真言宗醍醐派の寺院・教会は、聖宝の残した「実修実証～入りて学び出でて行なう」を教えのもととして、真言宗本宗と修験道を学び、実践している。

1879年（明治12）、明治政府による教王護国寺（東寺）を中心とした真言宗一管長制度により、大本山に列した。
その後1900年（明治33）、真言宗醍醐派として独立。
また、修験道の本山としては、江戸時代になってから真言宗系修験道を統括していたが、明治政府による修験寺院の廃止が決定されると、醍醐寺内に恵印部を設けて、全国の修験道行者の受け皿として修験寺院を統制した。
1919年（大正8）、恵印部を廃し、修験寺院を真言宗醍醐派末寺にした。
1941年（昭和16）、古義・新義真言宗は政府の政策によって合同され大真言宗となるが、1946年（昭和21）に真言宗醍醐派として独立して現在に至っている。

現在、真言宗醍醐派宗務本庁では、
①「宗教法人の正しい理解と運営」
②「人間自身を尊重した、命の尊厳、死者の尊厳」
③「祈りの実践」
この三つの柱を中心として活動しています。
特に、寺院・教会の公益性を高めることに力を入れており、地域のニーズにいかに応えていくのかということを考え、全国の末寺・教会に「あなたのお話をお聞きします」というプレートを配布しております。
また、「五大力さん」の布教宣揚にも力を入れており、様々な活動を始めています。